图解寻找promoter区域 预测Transcription factor binding site

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目的：
• 寻找 promoter 区域
• 预测 Transcription factor binding site 

举例：
预测人基因 ANKH 上游 2000bp 启动子区域中 NF-kB 的结合位点

寻找 promoter 区域数据库网站

1. 用 NCBI：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
2. 用 UCSC：http://www.genome.ucsc.edu/
3. 用 Ensembl：http://www.ensembl.org/index.html
4. 用公司信息（只包含公司拥有 promoter clones 的信息）：http://www.genecopoeia.com

•NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/

此例中选取 -14873887 到-14871887约 2000bp 核苷酸序列作为启动子区域

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•点击Graphics—-Tools——Sequece Text
View

•复制白底黑色区域即为 promoter 区域。

•可以直接得到 FASTA 格式的 promoter 核苷酸序列（似乎有一个 bp 的差距，可以输入 14871887 到14873886）

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http://www.genome.ucsc.edu/       选择 genomes

在 clade 选择 Mammal，genome 选择 Human，assmebly 选择最新的数据库，gene 中输入 ANKH

点击 Tables

在 track 中选择 RefSeq Genes，在 output format 中选择 sequence

点击 get output。选择 genomic。