编码,编码序列分析和基因预测在线数据库资源

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搜索此全面的 BAC 资源,以找到不同物种的每个 BAC 的可用映射,序列,注释和功能数据。

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搜索和分类原核移动遗传元件(MGEs)。

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通过比较进化相关生物的基因组序列来预测基因。

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查找有关脊椎动物 mRNA 3’ 非翻译区(UTR)中的富 Au 元素的信息。

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基于广义隐马尔可夫模型预测真核基因组序列中的基因。

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可搜索的 ORF 的数据库,包含 600 多个完全测序的微生物基因组。

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预测 DNA 序列中假定的细菌素开放阅读框(ORF)。

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检测并显示具有统计意义的位置特定序列偏倚,并降低背景噪声。

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查找核苷酸序列中的载体污染。

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查找怀疑含有编码序列的区域,并可视化两个基因组或基因序列之间的核苷酸多样性。

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通过跨物种基因组比较鉴定编码和非编码保守序列标签。

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从 23093 个生物的列表中找到该生物的密码子使用总和(2004 年)。

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搜索人类,小鼠和大鼠基因组中的融合序列。

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测量基因组内和跨基因组的同义密码子使用偏倚。

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在长序列中搜索低复杂度区域,并估计比对序列组的复杂度。

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在核苷酸序列中找到 CpG 岛。

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查找有关二核苷酸分子特性的信息。

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根据同源序列的比较分析预测真核基因。

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预测并统计评估预测的原核开放阅读框(ORF)。

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在 NCBI 数据库中搜索基因特异性信息。

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从 GenBank 条目和其他 GenBank 格式文件中提取序列和特征注释,例如内含子 / 外显子结构。

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为使用遗传算法选择最佳密码子而开发的算法。

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基于基因组签名范例对核苷酸序列进行表征和分类。

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预测脊椎动物,无脊椎动物和植物的基因组序列中基因的位置和外显子内含子结构。

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预测原核,真核和病毒基因组序列中的基因。

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使用不同的软件工具预测 DNA 序列中的基因。

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筛选人类基因组的人类内源性逆转录病毒(HERV)。

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搜索有关注释完整基因组中已处理假基因的信息。

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搜索人类基因组中的减数分裂重组点。

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可视化来自 ISfinder 的原核基因组中的插入序列。

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搜索细菌插入序列(ISs)。

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可以访问序列数据库以及许多核酸和蛋白质序列分析工具。

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要搜索原核基因组 DNA 序列中的岛屿,并分析相关整合的系统发育。

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使目标基因密码子用法适应表达宿主,以改善异源蛋白质合成。

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在基因组序列中找到全长 LTR 反转录转座子。

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预测生物序列中的特征。

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搜索从完全测序的原核基因组中提取的非冗余微卫星。

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在分子水平上检测自然选择的特征。

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在此综合资源中找到 microRNA 靶标预测和表达谱。

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查找核苷酸序列中存在的开放阅读框(ORF)。

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从下一代测序数据中找到有关甲基化数据的信息。

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搜索有关核小体形成位点的位置和特征的实验数据。

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一个在线 PHP 应用程序,可优化 DNA 序列的密码子用法以增加其表达水平。

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分析来自哺乳动物和真菌的大量 EST 或 cDNA。

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搜索不断发展的人类和小鼠开放阅读框(ORF)克隆(UltimateTM ORF 克隆)的集合。

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用于微阵列数据聚类和跨物种分析的 Web 平台。

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识别表达的序列标签(EST)衍生的序列中的蛋白质编码区。

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预测简短的环境 DNA 序列中的蛋白质编码基因。

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从 55 个物种中搜索预测的直系同源物组。

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屏蔽 EST 重复序列,无需使用库。

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通过对 L1 介导的插入基因组中的签名结果进行评分来跟踪逆转座序列。

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查找代表基因组,转录本和蛋白质的序列。

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从所有同行评审的研究中搜索合成(人工工程)基因的序列和相关实验信息。

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在人类基因组中搜索短串联重复序列 DNA。

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